АКДН и правительство Малайзии выступали партнёрами по ряду инициатив, включая Конференцию по вопросам благоприятной окружающей среды для Афганистана (2007 г.) и мероприятия по наращиванию потенциала в секторе здравоохранения Афганистана (совместно с Медицинской службой Вооружённых сил Малайзии).
АКДН и
Начиная с 2007 года агентства Организации Ага Хана по развитию участвуют в ряде совместных проектов с учреждениями Малайзии, в частности в области возрождения городской среды и сохранения объектов культурного наследия ЮНЕСКО в Джорджтауне (Пенанг).
Они работали совместно с Министерством здравоохранения Малайзии и делегациями из Центральной Азии и Ближнего Востока над улучшением качества медицинских услуг и семейной медицины. АКДН также сотрудничала с государственными и частными учреждениями в Куала-Лумпуре и Селангоре в сфере архитектурного образования, градостроительства и высшего образования, с Yayasan Chow Kit в Куала-Лумпуре в области раннего развития детей и со Всемирным исламским экономическим форумом в сфере экономического развития.
В соответствии с Меморандумом о взаимопонимании, подписанным в 2013 году, Траст Ага Хана по культуре и агентство Think City Sdn. Berhad (Think City), работая при поддержке местных органов городского планирования, оказали техническую помощь для сохранения, развития и улучшения исторической части Джорджтауна в Пенанге.
В 2015 году было подписано Соглашение о сотрудничестве в области управления Пенангом в целях развития исторической части Джорджтауна (объекта Всемирного наследия ЮНЕСКО), в котором были определены функции и обязанности Канцелярии главного министра Пенанга, Траста Ага Хана по культуре и организации Think City (малайзийского правительственного линейного агентства, отвечающего за развитие городской среды). В конце 2015 года было создано новое агентство, посредством которого сотрудничают эти три организации.
Первое направление деятельности агентства, получившего название «Корпорация сохранения и развития Джорджтауна» (George Town Conservation and Development Corporation, или GTCDC), касалось реализации пилотного проекта по восстановлению исторической Армянской площади. Завершённый в начале марта 2016 года, этот проект подчеркивает важность многофункционального использования небольшого открытого общественного пространства. В начале работ участок рассматривался как место для укрепления связей внутри сообщества и расширения общинной собственности. Дальнейшие мероприятия включали благоустройство Улицы гармонии к северу от Армянской площади, а также восстановление Северной набережной, включая Форт Корнуоллис и открытое пространство к западу от этого исторического объекта.
«Сокровища музея Ага Хана: архитектура в исламском искусстве», передвижная выставка предметов искусства из коллекции Музея Ага Хана, которая проводилась с 30 марта по 29 июня 2012 года в Музее исламского искусства Малайзии в Куала-Лумпуре.
В сентябре 2007 года на церемонии, состоявшейся в Куала-Лумпуре, Его Высочество Ага Хан представил девять лауреатов Премии Ага Хана в области архитектуры за 2007 год.
