Посредством мер, реализуемых в области раннего развития детей, начального образования и повышения уровня грамотности среди молодёжи и взрослых, образовательная деятельность Фонда охватывает почти 54 000 учащихся.
Одним из направлений работы Фонда Ага Хана (AKF) в сфере образования является повышение уровня грамотности в областях с высокой долей неграмотного населения: 75 процентов от общего числа населения, 93 процента —женщины. Особое внимание уделяется подготовке учителей, повышению качества начального образования и сокращению отсева учащихся, особенно девочек; повышению уровня общей грамотности среди взрослых, в частности, женщин; модернизации образовательных учреждений, включая замену школьных досок и пополнение библиотечного фонда.
В 2014 году правительство Мозамбика и АКДН подписали соглашение с Представительством Фонда Ага Хана в Мозамбике об управлении Аграрным институтом Билибизы (IABil) — единственным профессионально-техническим учебным заведением в Кабу-Делгаду, готовящим специалистов в области агрономии.
Академия Ага Хана в Мапуту является третьей в сети из 18 академий, которые Его Высочество Ага Хан создаёт в странах Африки, Южной и Центральной Азии, а также на Ближнем Востоке. Приём в Академию осуществляется на основе успеваемости, при этом предоставляется финансовая поддержка для обеспечения равного доступа к образованию независимо от социально-экономического положения.
Первый этап программы Академии Ага Хана в Мапуту начался в 2013 году с открытия детского сада и начальной школы. Академия постепенно расширялась: в настоящее время она предлагает полную программу начальной школы. Также Академия была аккредитована в качестве школы Международного бакалавриата (IB) для обучения по программе начальной школы. Академия начала обучение по программе средней школы. Со временем планируется ввести программу старшей школы и обеспечить размещение в жилых корпусах для учащихся старших классов. Кампус Академии Ага Хана в Мапуту был спроектирован известными архитекторами и сейчас находится в процессе строительства.
При каждой Академии Ага Хана работает Центр профессионального развития (PDC) для подготовки преподавателей Академии, а также педагогов из местных государственных и некоммерческих школ. Центр профессионального развития Академии Ага Хана в Мапуту работает с сентября 2009 года, предлагая две программы:
- программу изучения английского языка, разработанную для мозамбикских учителей государственных школ,
- программу школьного руководства и управления для работников образования, директоров и руководителей по педагогической работе государственных школ.
