Este importante legado tinha estado em declínio há muitos anos. A partir de 2004, no âmbito de uma parceria público-privada, o Fundo Aga Khan para a Cultura (AKTC) começou a trabalhar para revitalizar os centros de três cidades do Mali.  O AKTC começou com a restauração das Grandes Mesquitas de Djenné e Mopti e a Mesquita de Djingereyber em Timbuktu, assim como os espaços públicos em seu redor.

As restaurações das mesquitas tornaram-se a parte mais visível de um programa multidisciplinar que visa melhorar a qualidade de vida nas cidades. Estes esforços incluíram a instalação de novos sistemas de água e saneamento, pavimentação de ruas, educação infantil, formação, assistência médica e desenvolvimento económico.

Após a conclusão da restauração da Grande Mesquita de Mopti, em 2006, o Fundo implementou um programa de regeneração urbana que visava elevar o padrão de vida dos residentes na área de Komoguel.

Foram instaladas várias fontes públicas de água para aumentar o acesso a água potável segura e limpa; foi construído um sistema de esgoto subterrâneo com ligação às residências individuais na área; foi instalada uma estação de tratamento de esgotos; foram pavimentados 4000 metros quadrados de ruas com tijolos fabricados localmente (feitos de sacos de polietileno reciclados e areia) e foi introduzido um sistema de recolha de resíduos sólidos.  Foi construída uma barreira para resistir às inundações sazonais. 

Também foram construídos um centro de visitantes que alberga o Centro de Arquitetura de Terra, um centro comunitário e casas de banho públicas.  Durante esse processo, foram formadas 345 pessoas em técnicas de construção, canalização, alvenaria, fabrico de tijolos, carpintaria e serralharia. 

O trabalho de restauração dividiram-se em várias fases diferentes: a reconstrução completa do telhado; a estabilização da parte superior do edifício que havia sido danificada pelo uso inadequado de cimento numa anterior obra de restauração em 1978; a reparação da alvenaria de terra, removendo secções danificadas e reconstruindo-as com tijolos de barro tradicionais; aplicação de um revestimento tradicional feito da mistura de terra com cascas de arroz - chamado banco pourri - nas paredes exteriores; substituição dos tijolos de terra ao longo das fachadas do edifício; reconstrução do parapeito e dos pináculos do terraço; remoção e renovação parcial dos revestimentos externos de terra, que estavam em péssimo estado; renovação do pátio exterior. Foi instalada canalização no pátio em conjunto com uma fonte para uso dos fiéis.

O interior da mesquita também foi substancialmente melhorado: o piso foi completamente reabilitado; o trabalho de renovação da escadaria facilitou o acesso ao terraço; foram instalados novos sistemas de som, iluminação, ventilação e eletricidade. Foram também colocadas na Mesquita novas portas de madeira de alta qualidade. Este trabalho de restauração foi realizado em conjunto com o Departamento Nacional do Património Cultural do Ministério da Cultura do Mali, autoridades regionais, o município de Mopti e o comité da Mesquita. As autoridades locais também ajudaram na seleção de pedreiros experientes, assim como de jovens aprendizes que foram formados em técnicas de construção e restauração durante o projeto.

Este trabalho de restauração fazia parte, entre outros projetos, de um Memorando de Cooperação assinado com o Ministério da Cultura do Mali, relativo à conservação da arquitetura de terra do Mali.

Mas, ao mesmo tempo, a assinatura de um Acordo de Cooperação ampliou o âmbito da obra para incluir as áreas da saúde, educação, desenvolvimento rural, económico e da sociedade civil. Esses programas incluem o melhoramento da saúde ambiental através da água e do saneamento, e outras medidas para reduzir a incidência de doenças transmitidas pela água (ver Desenvolvimento Social para mais pormenores).

Está também a ser construído um centro de visitantes projetado para fazer parte da infraestrutura turística. 

Uma vez que a Mesquita está constantemente a ser assolada por um clima árido e hostil, o AKTC trabalhou com o objetivo de reverter a deterioração deste importante monumento e desenvolver as capacidades técnicas existentes através da formação.  O projeto incluiu: a conservação do telhado, fachadas exteriores do edifício e dos minaretes; a conservação do espaço de oração no interior, com a melhoria dos sistemas existentes de eletricidade, ventilação e som; formação prática de artesãos locais e aprendizes em técnicas tradicionais de construção de terra e em novos métodos de restauração; e assistência técnica às autoridades locais para a fase de pós-construção. 

  O trabalho do AKTC em Djenné começou em 2006, quando um estudo preliminar da Grande Mesquita revelou que, apesar do seu conhecido processo de manutenção anual, a Grande Mesquita de Djenné estava em risco de colapsar.   ​​​​Numa tentativa de tornar a estrutura da mesquita à prova de água, a cada ano era colocado mais "banco" - uma mistura de lama e palha de arroz - nas paredes e no telhado.   Mais de 500 toneladas desta mistura de "banco" estavam a sobrecarregar o telhado e centenas de toneladas estavam a criar tensão na estrutura das paredes. A conservação da Mesquita por parte do AKTC, que começou no final de 2008, englobou a reabilitação completa do telhado, a restauração da estrutura de suporte das paredes de tijolos de barro e a substituição integral dos sistemas interiores de iluminação, ventilação e som.

Ao inverter a deterioração deste importante monumento, o AKTC tem vindo a trabalhar com a corporação local de pedreiros, a “barey-ton”, para recuperar técnicas tradicionais de construção e desenvolver as capacidades técnicas através da formação. Tal como em Mopti, a Fase 2 irá abranger a melhoria dos espaços públicos, a instalação de água e saneamento e outras medidas destinadas a melhorar a qualidade de vida na área.