A primeira instituição no Serviço Aga Khan para a Saúde, no Paquistão (AKHS,P) foi uma maternidade de 42 camas, anteriormente conhecida como Janbai Maternity Home, inaugurada em Karachi em 1924. Hoje em dia, embora mantenha o foco inicial na saúde materna e infantil, os AKHS,P também prestam serviços que vão dos cuidados de saúde primários aos serviços de diagnóstico e aos cuidados curativos. Atinge mais de 700 000 pessoas nas áreas rurais e urbanas de Sindh, Punjab, Gilgit-Baltistan e Chitral. Como o maior sistema privado não lucrativo de cuidados de saúde no Paquistão, tem como objetivo complementar os esforços do governo em termos de prestação de cuidados de saúde, em especial nas áreas de saúde materna e infantil e cuidados de saúde primários.
Os fundos dos AKHS,P são provenientes de várias fontes. Como um recurso fundamental dos sistemas de previdência social, cujo objetivo é ser autossustentável, as taxas moderadoras são definidas de maneira consistente, mesmo para os serviços que recebem o maior número de subvenções.
Quando as instalações tornam-se autossustentadas, os AKHS,P utilizam os excedentes de exploração que geram para financiar outros programas e subsidiar serviços para os muito carenciados. Os AKHS,P abordam os problemas de saúde de populações locais específicas no Paquistão. Para proceder da maneira mais eficiente, o sistema de cuidados de saúde é descentralizado e os serviços que prestam variam de acordo com as necessidades das cinco regiões do programa em Karachi, Sindh, Punjab, Gilgit-Baltistan e Chitral. Nas áreas rurais do Paquistão onde os AKHS,P estão operacionais, o acesso a pessoas em áreas remotas com serviços de cuidados de saúde primários, em especial aos grupos de elevado risco, como mães e crianças, continuar a ser uma prioridade elevada, uma vez que proporcionam serviços de diagnóstico adequados, cuidados curativos e serviços de referência para a população em geral.
Os AKHS,P são responsáveis por centros de saúde básicos, 6 centros de saúde abrangentes e o Centro Médico Aga Khan em Gilgit. Os AKHS, P agora também administram 5 centros de saúde governamentais em sistemas de parceria público-privada. No Norte do Paquistão, os AKHS,P têm implementado o Programa de Cuidados de Saúde Primários no Norte do Paquistão desde 1987. Ao trabalhar em parceria com comunidades locais, o governo e outras instituições da AKDN, como o Programa de Apoio Rural da Aga Khan, o objetivo tem sido encontrar maneiras sustentáveis de financiamento e prestação de cuidados de saúde primários nos vales de alta montanha. Isto resultou numa abordagem orientada para aldeias. A designação de funcionários de saúde comunitários pela organização de aldeias locais, a formação destes trabalhadores para a prevenção de doenças comunitárias e reorientação dos profissionais de saúde (públicos e privados) para cuidados de saúde primários. Através deste e de programas relacionados, os AKHS,P têm trabalhado para promover uma nova orientação de serviços de saúde no Paquistão no que respeita a cuidados de saúde primários.
Uma estreita colaboração com a Fundação Aga Khan (AKF) e a Universidade Aga Khan (AKU), assim como com sistemas de saúde governamentais, tem sido o alicerce deste esforço. Isto é impulsionado pela vontade de criar sistemas de saúde que conjugam esforços de cuidados preventivos e curativos, bem como os diferentes níveis nos sistemas de saúde dos AKHS,P e governamentais, do centro de saúde de aldeia ao Hospital Universitário Aga Khan em Karachi.
O Hospital do Príncipe Aly Khan é um hospital de cuidados intensivos com várias especialidade de 161 quartos que, ao expandir a gama e qualidade dos serviços clínicos prestados, se tornou o hospital mais procurado da população local na área de captação na região sul de Mumbai. O hospital está abrangido pela certificação ISO 9002.