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  • À Karachi, au Pakistan, le laboratoire de l’AKU fait partie des quelques établissements de la région à disposer de la technologie TaqMan Array Card (TAC). Grâce à cet outil de diagnostic avancé plus rapide et plus efficace, les chercheurs peuvent facilement analyser des échantillons et déterminer s’il est nécessaire de développer de nouveaux vaccins afin de réduire l’incidence de la diarrhée.
    AKU
Université Aga Khan
L’Université Aga Khan mène de nouvelles recherches sur l’une des causes majeures de mortalité infantile

Dans des pays comme le Pakistan, la mauvaise qualité des infrastructures d’approvisionnement en eau et d’assainissement entraîne une hausse de l’incidence de la diarrhée, une affection responsable de plus de 50 000 morts évitables d’enfants chaque année. La diarrhée reste cependant un problème d’ordre mondial, puisqu’il s’agit de la deuxième cause de décès chez les enfants de moins de cinq ans selon les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) des États-Unis.

De nombreux germes ou agents pathogènes peuvent être à l’origine de la diarrhée, le rotavirus étant le plus courant d’entre eux. En 2018, le Pakistan a ainsi lancé une campagne de vaccination contre le rotavirus, ce qui a contribué à réduire de moitié le nombre d’infections dont il est responsable. Toutefois, les infections diarrhéiques continuent de provoquer de nombreux décès dans le pays, notamment dû au fait que le système de santé et les chercheurs manquent de connaissances sur les bactéries ou les agents pathogènes responsables de la majeure partie des cas.

À l’occasion de la Semaine mondiale de la vaccination (du 24 au 30 avril), l’Université Aga Khan (AKU) a annoncé que son Laboratoire de recherche sur les maladies infectieuses (IDRL) avait été sélectionné comme centre de référence régional pour le Bureau régional de l’OMS pour la Méditerranée orientale (EMRO). Le laboratoire mènera en cette qualité de nouvelles recherches afin d’appuyer les efforts visant à réduire les cas de diarrhée.

Lors de la première phase du projet, le laboratoire de l’AKU analysera des échantillons de selles envoyés par des centres du Sindh et du Pendjab. Cette étape est primordiale pour que les chercheurs puissent déterminer avec précision le nombre de cas d’infection au rotavirus signalés après la mise en place de la campagne de vaccination et identifier le nombre de cas de diarrhée causés par d’autres agents pathogènes comme le norovirus, les Escherichia coli entérotoxinogènes (ETEC) et les shigelles. Le laboratoire de l’AKU est l’un des rares établissements du pays et de la région à disposer de la technologie TaqMan Array Card (TAC), qui permet d’analyser les échantillons plus rapidement et plus efficacement.

« La culture de selles et les autres tests de diagnostic de la diarrhée peuvent prendre des jours, voire des semaines, et ne sont capables de détecter qu’un seul ou que quelques agents pathogènes à la fois », explique Furqan Kabir, chef de service à l’IDRL et superviseur des opérations du laboratoire. En 2011, ce dernier a suivi une formation des CDC sur la technologie TAC et a mis en œuvre plusieurs initiatives afin d’introduire cet outil de diagnostic avancé au Pakistan, notamment au sein de l’AKU.

« L’avantage principal de cette technologie est qu’elle nous permet de détecter jusqu’à 100 agents pathogènes à partir d’un seul échantillon en seulement six heures », précise-t-il.

Les analyses des échantillons menés avec la TAC aideront les chercheurs à déterminer s’il est nécessaire de développer de nouveaux vaccins afin de réduire l’incidence de la diarrhée dans le pays. À long terme, le laboratoire analysera également des données recueillies à travers toute la région EMRO, dont certains pays, comme l’Afghanistan, présentent de forts taux de morbidité.

« La diarrhée est source d’immenses souffrances chez les enfants qui, lorsqu’ils sont touchés, ne peuvent aller à l’école pendant plusieurs jours, souffrent d’épuisement et se voient contraints d’aller à l’hôpital, où les soins sont très couteux. Tous ces facteurs entraînent une pression colossale sur les parents et les soignants », explique M. Kabir, qui ajoute que, les tests de culture de selles pour la diarrhée prenant un temps considérable, les médecins prescrivent souvent des antibiotiques à large spectre aux enfants avant même de connaître le microbe à l’origine de l’affection. Outre son inefficacité, cette approche risque également d’aggraver le problème mondial de la résistance aux antimicrobiens.

« À terme, nous espérons développer des tests qui contribueront à améliorer les capacités de diagnostic dans les hôpitaux », ajoute M. Kabir. « Des milliers d’enfants pakistanais et la société plus généralement devraient en bénéficier, car la résistance aux antimicrobiens est une menace imminente qui pèse sur la santé publique de notre pays. »

L’IDRL fait partie des 30 sites de surveillance internationaux travaillant sous l’égide du Réseau mondial de surveillance des maladies diarrhéiques chez les enfants.

Cette initiative mondiale vise à atteindre les cibles du troisième objectif de développement durable (ODD), dont le but est de mettre fin aux décès évitables d’enfants et de réduire la prévalence des maladies hydriques comme la diarrhée.

Ce texte est une adaptation d’un article publié sur le site internet de l’Université Aga Khan.