Construit pour célébrer le patrimoine palestinien et dans le but de « favoriser une culture de dialogue et de tolérance », le musée est un projet phare d’une des plus grandes ONG palestinienne, réalisé avec le soutien de l'Université de Birzeit.

Le site est délimité par les murs de terrasses agricoles en pierres sèches (sanasil), érigés par la communauté locale pour adapter le terrain à l’agriculture. Sélectionné à l'issue d'un concours international, le design s'inspire du cadre environnant auquel le bâtiment est solidement ancré. Une route d'accès mène au sommet d’une colline surplombant la Méditerranée située 40 km à l’ouest, permettant au visiteur d’apercevoir ce paysage rural si caractéristique. Le plan présente une forme de double triangles imbriqués. Les principaux espaces visiteurs - hall d'entrée, espace d'exposition, galerie, magasin, café et vestiaire - se trouvent au niveau de l'entrée, limitant ainsi le besoin de circulation verticale. Le café, dans l'aile nord, s'ouvre sur une terrasse dallée avec vue sur la ville. Une cavité topographique préexistante est exploitée pour fournir des espaces supplémentaires sous l'aile sud, comprenant des magasins et un centre d'enseignement et de recherche, lequel mène à un amphithéâtre en extérieur.

Les formes en zigzag de l'architecture du musée et des jardins à flanc de colline s'inspirent des terrasses agricoles environnantes, soulignant le lien avec la terre et symbolisant la résistance à l'occupation militaire en Cisjordanie. Le calcaire palestinien, extrait localement près de Bethléem, est utilisé à la fois pour le revêtement de la façade et le pavage extérieur, unifiant ainsi le projet. Une légère inclinaison de la façade ouest permet à des rideaux triangulaires à ailettes métalliques dont les dimensions et l'emplacement sont soigneusement calculés, de protéger l’intérieur du soleil et de la chaleur tout en favorisant la lumière naturelle. Ces techniques de construction durable parmi d’autres mesures ont valu au bâtiment la certification de haute qualité environnementale « LEED Gold ».

Le jardin botanique, avec ses terrasses en pierre et ses plantations plus raffinées à proximité du bâtiment, est destiné à approvisionner le café en produits typiquement palestiniens. L'eau de pluie de la terrasse et de l'amphithéâtre, tout comme les eaux usées sont recueillies et utilisées pour le système d'irrigation et d’installation sanitaire.