من خلال التعاون والعمل مع الحكومات والمجتمعات المحلية، تنفذ وكالة الآغا خان للسكن مجموعةً واسعةً من البرامج الرامية للحد من مخاطر الكوارث في أفغانستان، والهند، وباكستان، وسورية، وطاجيكستان. تشمل برامج الحد من مخاطر الكوارث تقييمات للأخطار والمخاطر ونقاط الضعف، وتقديم التعليمات المتعلقة بالتأهب للكوارث، فضلاً عن إجراء التدريبات على عمليات البحث والإنقاذ، والاستجابة للحالات الطارئة، إضافةً إلى المشاريع الهيكلية المتسمة بالمقاومة والمرونة على المستوى المجتمعي والمؤسساتي، مثل بناء الجدران الداعمة لمواجهة مياه الفيضانات، وتثبيت ضفاف الأنهار والمنحدرات، وتعزيز الجسور والطرق، وصولاً للقيام بإجراءات الحماية من الانهيارات الجليدية، وإنشاء قنوات لتصريف تدفقات الركام والحطام.

تقوم مؤسسات المجتمع المدني، التي تأسست على الأخلاق والقيم، وتسهم في تعزيز التقدم والتغيير الإيجابي في مجالات التعليم والصحة والعلوم والأبحاث والثقافة، على سبيل المثال لا الحصر، بتسخير الطاقات الخاصة للمواطنين الملتزمين بالصالح العام.