تعمل مؤسسة الآغا خان على مواجهة بعض التحديات التي تواجه المجتمعات الأكثر فقراً وتهميشاً في العالم من خلال استثمارها بجميع الموارد البشرية والمالية والتقنية، ويتم التركيز بشكل خاص على الاستثمار في الإمكانات البشرية، توسيع الفرص، وتحسين مستوى المعيشة بشكل عام، خاصةً بالنسبة للنساء والفتيات.

وتعمل المؤسسة بشكل أساسي في ستة مجالات: الزراعة والأمن الغذائي، الإدماج الاقتصادي والتعليم، تنمية الطفولة المبكرة، الصحة والتغذية، إضافةً إلى مجال المجتمع المدني.