كانت أول منشأة في مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان عبارة عن مستشفى للولادة مؤلف من 42 سريراً، وكانت تعرف سابقاً باسم "دار جانباي للأمومة"، الذي تم افتتاحه في كراتشي عام 1924. وحالياً، مع الاستمرار في التركيز المبكر على الأمومة وصحة الطفل، فإن مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان توفر أيضاً خدمات الرعاية الصحية الأولية وخدمات التشخيص والرعاية العلاجية. وتصل خدماتها إلى أكثر من 700 ألف شخص في المناطق الريفية والحضرية في السند، البنجاب، جيلجيت بالتستان، وشيترال. وباعتبارها أكبر نظام للرعاية الصحية الخاصة غير الربحية في باكستان، يتمثل هدفها في إكمال جهود الحكومة في توفير الرعاية الصحية، لاسيما في مجالات الأمومة وصحة الطفل والرعاية الصحية الأولية.
تحصل مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان على تمويلها من خلال مجموعة مصادر متنوعة، وكعنصر حيوي في أنظمة الرعاية الاجتماعية، التي تهدف أن تصبح مكتفية ذاتياً، يتم تحديد رسوم على المستفيدين باستمرار، حتى بالنسبة إلى أكثر الخدمات المدعومة على نحو كبير. تختبر شبكة الآغا خان للتنمية مجموعة واسعة من أدوات التمويل، بما في ذلك التأمين الصغير، استخدام القسائم لحماية ذوي الدخل المحدود وتقليل الاعتماد على رسوم المستفيدين. في الواقع، يساهم هذا المبدأ في توسيع الوصول إلى مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان.
تدير مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان 125 مركزاً صحياً أساسياً، و6 مراكز صحية شاملة، إضافة إلى مركز الآغا خان الطبي في جيلجيت. كما تدير مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان حالياً 5 مراكز صحية حكومية ضمن اتفاقية الشراكة بين القطاعين العام والخاص. وفي شمالي باكستان، كما يقوم برنامج مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان بتنفيذ برنامج الرعاية الصحية الأولية شمالي باكستان منذ عام 1987. وعبر شراكة مع المجتمعات المحلية والحكومة ومؤسسات الآغا خان الأخرى، مثل برنامج الآغا خان لدعم المناطق الريفية، كان الهدف يكمن في إيجاد طرق مستدامة للتمويل وتقديم الرعاية الصحية الأولية في الوديان الجبلية العالية. وقد أدى ذلك إلى إتباع نهج قائم على القرية، عبر تعيين العاملين في مجال الصحة المجتمعية من منظمة القرى المحلية، وتدريب هؤلاء العمال على الوقاية من الأمراض المجتمعية وإعادة توجيه المهنيين الصحيين (في القطاع الحكومي والخاص) نحو تقديم الرعاية الصحية الأولية. تعمل مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان عبر هذه البرامج والبرامج ذات الصلة على تعزيز توجه الخدمات الصحية الجديد في باكستان نحو الرعاية الصحية الأولية.
شكّل التعاون الوثيق بين مؤسسة الآغا خان وجامعة الآغا خان، وكذلك مع الأنظمة الصحية الحكومية حجر الزاوية في هذا المسعى، ويرجع ذلك إلى الرغبة في بناء أنظمة صحية تربط بين جهود الرعاية الوقائية والعلاجية، فضلاً عن ربطها بين المستويات المختلفة في مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان والنظم الصحية الحكومية، بدءاً من المركز الصحي في القرية وصولاً إلى مستشفى جامعة الآغا خان في كراتشي.
يعتبر مستشفى الأمير علي خان مختصاً بالعناية المركزة وهو متعدد التخصصات ويتسع لـ162 سريراً، وعبر توسيع نطاق ونوعية خدماته السريرية، أصبح المستشفى المفضّل للسكان المحليين في منطقة مستجمعات المياه جنوبي مومباي. يُذكر أن المستشفى حاصل على شهادة الآيزو 9002.
يسعى قسم صحة المجتمع التابع لمؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في الهند إلى تحقيق أهدافه عبر تحسين السلوك الصحي للسكان فيما يتعلق بالنظافة ومعالجة التجفاف (بتعويض السوائل عن طريق الفم لمرضى الإسهال) والتحصين ورعاية الأمهات، فضلاً عن التعامل مع العوامل التي تشكل خطورة ويمكن الوقاية منها مثل الأمراض غير السارية والسل، إضافة إلى تقديم المعلومات والخدمات المتعلقة بتباعد الولادات، وتحديد العوائق التي تحول دون الحصول على الخدمات الصحية ذات الجودة المُرضية، والعمل على التخلص منها إن أمكن.