عندما تصبح المرافق مكتفية ذاتياً، تستخدم مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان أي فوائض تشغيلية تنتجها لتمويل برامج أخرى، إضافة إلى دعم الخدمات لذوي الدخل المحدود جداً. يعالج برنامج مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان المشاكل الصحية للسكان المحليين في باكستان، وللقيام بذلك بشكل أكثر فعالية، أصبح نظام الرعاية الصحية الخاص بها لا مركزياً، وتختلف الخدمات التي يقدمها وفقاً لاحتياجات مناطق البرنامج الخمسة في كراتشي، السند، البنجاب، جيلجيت بالتستان، وشيترال. في المناطق الريفية في باكستان حيث تعمل مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية، فإن الوصول إلى الناس في المناطق النائية التي لا تتوفر فيها خدمات الرعاية الصحية الأولية، لا سيما المجموعات الضعيفة جداً مثل الأمهات والأطفال الصغار، مازال يمثل أولوية عالية، إضافة إلى توفير خدمات التشخيص الكافي والرعاية العلاجية وخدمات الإحالة لعامة السكان.

تدير مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان 125 مركزاً صحياً أساسياً، و6 مراكز صحية شاملة، إضافة إلى مركز الآغا خان الطبي في جيلجيت. كما تدير مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان حالياً 5 مراكز صحية حكومية ضمن اتفاقية الشراكة بين القطاعين العام والخاص. وفي شمالي باكستان، كما يقوم برنامج مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان بتنفيذ برنامج الرعاية الصحية الأولية شمالي باكستان منذ عام 1987. وعبر شراكة مع المجتمعات المحلية والحكومة ومؤسسات الآغا خان الأخرى، مثل برنامج الآغا خان لدعم المناطق الريفية، كان الهدف يكمن في إيجاد طرق مستدامة للتمويل وتقديم الرعاية الصحية الأولية في الوديان الجبلية العالية. وقد أدى ذلك إلى إتباع نهج قائم على القرية، عبر تعيين العاملين في مجال الصحة المجتمعية من منظمة القرى المحلية، وتدريب هؤلاء العمال على الوقاية من الأمراض المجتمعية وإعادة توجيه المهنيين الصحيين (في القطاع الحكومي والخاص) نحو تقديم الرعاية الصحية الأولية. تعمل مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان عبر هذه البرامج والبرامج ذات الصلة على تعزيز توجه الخدمات الصحية الجديد في باكستان نحو الرعاية الصحية الأولية.

شكّل التعاون الوثيق بين مؤسسة الآغا خان وجامعة الآغا خان، وكذلك مع الأنظمة الصحية الحكومية حجر الزاوية في هذا المسعى، ويرجع ذلك إلى الرغبة في بناء أنظمة صحية تربط بين جهود الرعاية الوقائية والعلاجية، فضلاً عن ربطها بين المستويات المختلفة في مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في باكستان والنظم الصحية الحكومية، بدءاً من المركز الصحي في القرية وصولاً إلى مستشفى جامعة الآغا خان في كراتشي.

يواجه تطوير البرنامج قيوداً صارمة بسبب المساحة، لذا تخطط مؤسسة الآغا خان للخدمات الصحية في الهند القيام بعملية تطوير على مراحل لمستشفى بديل يتسع لـ300 سرير، عبر تقديم بعض الخدمات التخصصية الفرعية، إضافة إلى تركيز كبير على الرعاية المتنقلة والعناية المركزة، فضلاً عن إجراء الأبحاث والتعليم.

على مستوى الرعاية الأولية، اتسع نطاق التركيز من صحة الأم والطفل إلى تعزيز صحة الأسرة، ويجري توسيع نطاق تركيز جهود تعزيز الصحة لتشمل الوقاية من الأمراض غير المعدية، وأنشطة التوعية الجنسية والتوعية بمرض الإيدز. كما وتشمل أولويات البحث العوامل التي تشكل خطورة وتؤدي إلى أمراض عقلية، وانتهاج السلوك الصحيح لكيفية التعامل مع الأمراض غير المعدية، والتحذير من فيروس نقص المناعة البشرية، وضرورة الاهتمام بالصحة الإنجابية، وأخطار مرض السل، إضافة إلى التمويل الصحي.